Doktorand:in - Entwicklung von Methoden und Workflows für robuste und reproduzierbare Massenspe[...]

Doktorand:in – Entwicklung von Methoden und Workflows für robuste und reproduzierbare Massenspektrometrie-Analysen und Multi‑Omics‑Integration (w/m/d)

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Ihre Aufgaben

• Entwicklung automatisierter Workflows (Galaxy, CWL oder Nextflow) für die Qualitätskontrolle (mzQC) und Hochdurchsatzanalyse (Identifizierung, relative und absolute Quantifizierung) für die Lipidomik
• Implementierung der Herkunftsverfolgung innerhalb des Workflows, um eine reproduzierbare Datenanalyse zu ermöglichen, Export in das mzTab‑M‑Format
• Integration mit EMBL‑EBI BioStudies und anderen relevanten Repositorien, wie z. B. MetaboLights (Metabolomik), zur vereinfachten Datenspeicherung und Übermittlung
• Mitwirkung an der Entwicklung von Tools für die Multi‑Omics‑Datenintegration (Genomik, Transkriptomik, Proteomik, Metabolomik, Lipidomik), statistische Auswertung und Visualisierung im Netzwerk „Lipidomics Informatics for Life Science” im Rahmen des Netzwerks de.NBI / ELIXIR‑DE
• Teilnahme an Arbeitsgruppen der HUPO‑PSI MS‑Standardisierungsinitiative, der ELIXIR Metabolomics und Proteomics Community, der Lipidomics Standards Initiative und entsprechenden Projekten

Ihr Profil

• Master‑Abschluss in Informatik, Bio‑/Chemieinformatik oder Naturwissenschaften
• Ausgeprägte Programmierkenntnisse (Python, R, Java, …) und Interesse an der Arbeit in polyglotten Softwareumgebungen
• Praktische Erfahrung mit Methoden des maschinellen Lernens und der KI sowie Interesse daran, ML‑Methoden zu erlernen, anzupassen und auf anspruchsvolle Probleme in der Massenspektrometrie anzuwenden
• Selbstständiges und kooperatives Arbeiten in einem internationalen, interdisziplinären Team über Institute hinweg
• Ausgezeichnete Kommunikations‑ und Organisationsfähigkeiten
• Ausgezeichnete Englischkenntnisse

Unser Angebot

• Spannende, interdisziplinäre und abwechslungsreiche Arbeit in einem hochaktuellen Themenbereich.
• Teilnahme an Projektmeetings und Konferenzen.
• Möglichkeiten für befristete Forschungsaufenthalte im Ausland.
• Zugang zu modernsten HPC‑ und ML‑Einrichtungen über die de.NBI Cloud und das Jülich Supercomputing Center.
• Die Möglichkeit zur Teilnahme an der Helmholtz Data Science Initiative und Helmholtz AI.
• Starke Unterstützung und Betreuung beim Aufbau einer zukünftigen Karriere in der Wissenschaft und/oder Industrie.
• Bei Erfüllung der Voraussetzungen wird eine Aufnahme in das strukturierte Promotionsprogramm im Rahmen der Graduiertenschule “Digital Infrastructure for the Life Sciences” an der Technischen Fakultät der Universität Bielefeld angestrebt.
• Optimale Bedingungen für eine gute Work‑Life‑Balance und eine familienbewusste Unternehmenspolitik.
• Die Möglichkeit, flexibel (in Bezug auf den Arbeitsort) zu arbeiten, z. B. im Homeoffice, besteht in der Regel nach Absprache und in Abhängigkeit von den anstehenden Aufgaben und (Vor‑Ort‑)Terminen.
• Akademische Leistungen und eine betriebliche Altersvorsorge.
• Gezielte Angebote für internationale Mitarbeiter, z. B. durch unseren International Advisory Service.

Neben spannenden Aufgaben und einem kollegialen Miteinander bieten wir Ihnen noch viel mehr:

Die Position ist auf 3 Jahre befristet mit der Möglichkeit einer längerfristigen Perspektive. Die Vergütung erfolgt analog der Entgeltgruppe 13 (100 %) des Tarifvertrags des öffentlichen Dienstes (TVöD‑Bund) zuzüglich 60 % eines Monatsgehaltes als Sonderzahlung („Weihnachtsgeld“).

Die monatlichen Entgelte in Euro entnehmen Sie bitte der Seite des BMI:

Informationen zur Promotion im Forschungszentrum Jülich inklusive der Standorte finden Sie hier:

Dienstort: Bielefeld.

Wir freuen uns über Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen Hintergründen, z. B. hinsichtlich Alter, Geschlecht, Behinderung, sexueller Orientierung / Identität sowie sozialer, ethnischer und religiöser Herkunft. Ein chancengerechtes, diverses und inklusives Arbeitsumfeld, in dem alle ihre Potentiale verwirklichen können, ist uns wichtig.

Weitere Informationen zu Vielfalt und Chancengerechtigkeit: