Wissenschaftliche Mitarbeiterin / Wissenschaftlicher Mitarbeiter Hochpathogene mikrobielle Erre[...]

Das Robert Koch-Institut - das sind ca. 1.500 Köpfe aus über 52 Nationen mit einem Ziel: Die Gesundheit der Menschen zu schützen. Wir erheben und analysieren Gesundheitsdaten, erkennen Risiken, beraten Politik und Fachwelt und entwickeln neue wissenschaftliche Methoden. Unsere Standorte sind in Berlin, Wildau und Wernigerode. Die Mitarbeit erfolgt im Rahmen eines durch das BMG geförderten Projekts ,,MIRAI - Sicherstellung der Detektion bioterroristisch relevanter neuartiger Agenzien und synthetischer Wirkmittel in der veränderten Bedrohungslage‘‘. Im Projekt sollen insbesondere Methoden zur Erkennung, Identifizierung und Charakterisierung unbekannter bakterieller und viraler Erreger und weiteren Agenzien aus komplexen Matrices und Metagenomdatensätzen entwickelt werden. Aus befristungsrechtlichen Gründen richtet sich die konkrete Vertragsdauer nach der individuellen Verfügbarkeit von Zeiten im Sinne des § 2 (1) des Wissenschaftszeitvertragsgesetzes (WissZeitVG). Unser Fachgebiet ZBS 2 - Hochpathogene mikrobielle Erreger freut sich auf Ihre Bewerbung!

Ihre Aufgabe bei uns

eigenverantwortliche Herstellung von NGS-Bibliotheken sowie selbstständige Durchführung von Illumina-Sequenzierungen (MiSeq) einschließlich Qualitätskontrolle der Bibliotheken und Sequenzierläufe Integration, Interpretation und Validierung molekularbiologischer, mikrobiologischer und bioinformatischer Daten zur Charakterisierung neuartiger Erreger Planung, Durchführung und wissenschaftliche Auswertung metagenomischer Analysen einschließlich der Entwicklung und Optimierung bioinformatischer Analysepipelines Entwicklung und Anwendung KI-gestützter Verfahren zur Identifizierung und Charakterisierung unbekannter sowie neuartiger bakterieller Erreger aus komplexen Probenmatrizes anhand metagenomischer Datensätze Konzeption, Koordination und Bearbeitung wissenschaftlicher Fragestellungen sowie Publikation und Präsentation der Ergebnisse in nationalen und internationalen Fachgremien

Ihr Profil Formale Voraussetzungen

abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Universitätsdiplom/Master/Staatsexamen) der Naturwissenschaften, Veterinärmedizin, Humanmedizin oder einer vergleichbaren Disziplin Promotion erwünscht Bei ausländischen Bildungsqualifikationen benötigen wir einen Nachweis über die Gleichwertigkeit mit einem deutschen Abschluss.

Kenntnisse und Erfahrungen

mit Illumina-basierten Next-Generation-Sequencing-Verfahren, einschließlich Gerätebedienung, Probenvorbereitung, Bibliotheksherstellung, Sequenzierung und Qualitätskontrolle in der bioinformatischen Auswertung von NGS-Daten, insbesondere bakterieller Genome und Metagenomdaten in einer Linux-basierten Analyseumgebung (HPC-Cluster) in der Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Analysepipelines mit KI- und Machine-Learning-gestützten Methoden zur Identifizierung und Charakterisierung bakterieller Pathogene und komplexe Metagenomdatensätze

Sprachkenntnisse (CEFR-Niveau)

Deutsch mind. B2, Englisch mind. C1

Wünschenswert

praktische mikrobiologische und molekularbiologische Erfahrung im Umgang mit Bakterien der Risikogruppe 3 Erfahrung mit Methoden zur Identifizierung und Charakterisierung bakterieller Pathogene praktische Erfahrung mit Oxford-Nanopore-Sequenzierung Programmierkenntnisse, insbesondere in Python und/oder R

Persönliche Kompetenzen

Eigeninitiative und hohe Eigenmotivation Zielorientierung und Konzeptentwicklung zur Zielerreichung Kooperations- - und Teamfähigkeit und Erarbeitung von Lösungen zusammen mit anderen Teammitgliedern Konfliktfähigkeit und Konzentration auf Lösungen, die der Zielsetzung und den Beteiligten gerecht werden

Weitere Voraussetzungen

Bereitschaft zur regelmäßigen Teilnahme an 24/7 Rufbereitschaften sowie die Erreichbarkeit des RKI in einer Stunde Bereitschaft zur Teilnahme an einer erweiterten Sicherheitsüberprüfung nach § 9 Sicherheitsüberprüfungsgesetz (SÜG) sowie deren positiver Abschluss